Le milieu physique de la rivière Aunelle reste de qualité moyenne. Les indices des quatre premiers tronçons se situent plus prés de la classe de qualité 3 que 2.C’est un cours d’eau qui semble avoir subi de profondes modifications et pour certaines déjà anciennes. Les barrages et seuils agricoles en lit mineur entrent pour une part importante dans l’évaluation globale.