Le lit mineur est le compartiment qui altère le plus la qualité globale du milieu physique. La continuité longitudinale de la Ternoise est interrompue une vingtaine de fois sur l’ensemble du linéaire et 14 de ces ouvrages sont infranchissables. Ces ouvrages affectent la variabilité des fonds et confèrent au cours d’eau une faible diversité des écoulements.