C’est pour le lit mineur que l’on rencontre les plus fortes altérations qui se traduisent par des indices de sévèrement à très sévèrement perturbés. Ces altérations sont essentiellement dues à la présence d’ouvrages infranchissables et à des zones de surlargeur, générant une sédimentation et une faible diversité des écoulements et des habitats. Les concrétions calcaires affectent de manière significative la qualité des habitats.