Le lit mineur est certainement le compartiment qui a subi le plus d’altérations. Essentiellement d’origine anthropique, ces différents aménagements (ouvrages infranchissables, curage, rectification) entraînent de nombreux disfonctionnements : le colmatage des fonds et les écoulements homogènes sont présents sur une grande partie du linéaire. Beaucoup de tronçons sont qualifiés de sévèrement à très sévèrement perturbés.