Le lit mineur est de loin le compartiment le plus affecté, seuls deux tronçons (T5 et T7) dépassent la note de 20/100. Les autres sont considérés comme sévèrement à très sévèrement perturbés. Ces indices sont essentiellement dûs aux nombreux aménagements anthropiques, pas moins de 28 barrages infranchissables sont présents sur la Selle.