Les résultats sont traités avec le SEQ-Eau. Les qualités présentées dans les cartes et les graphiques d’évolution sont relatives à l’évaluation de l’aptitude à la vie aquatique. En effet, c’est la partie du SEQ-Eau dont le concept est le plus proche des contraintes de la Directive Cadre Européenne sur l’Eau (directive 2000/60/CE parue au J.O. le 22.12.2000).

La qualité « macropolluant » n’inclut pas les nitrates. En effet, celui-ci n’a pas d’effet direct sur la vie aquatique. Il entraîne des développements de végétaux qui sont préjudiciables à l’équilibre écologique mais n’a pas de toxicité propre.

Les données traitées concernent les « macropolluants ». Ce sont des paramètres physicochimiques simples. Le SEQ-Eau permet également de traiter les données « micropolluants » : métaux, pesticides, hydrocarbures ... L’annuaire de qualité présente dans sa nouvelle formule :

 les données brutes des paramètres physico-chimiques classiques,
 les qualités « grille 71 » de chacun de ces paramètres,
 la qualité générale « grille 71 »,
 l’objectif de qualité,
 les qualités « SEQ Eau » des altérations regroupant les paramètres physico-chimiques classiques calculées via la grille de la fonction « potentialité biologique » sauf pour les nitrates (grille « qualité de l’eau »).
 la qualité « macropolluant » synthétisant les altérations physicochimiques classiques + l’altération « effet des proliférations végétales ».

Le nouveau système basé sur le SEQ-Eau correspond aux contraintes liées à la Directive Cadre Eau. Par contre, les objectifs de qualité fixés par le SDAGE et arrêtés en 1999 correspondent au système « grille 71 ». A ce titre, ils doivent continuer d’être comparés aux qualités calculées avec l’ancien système.