Le programme de surveillance concerne les eaux douces de surface : plans d’eau, rivières et canaux ; les eaux côtières et de transition (estuaires et ports) ainsi que les eaux souterraines. Il se compose principalement de deux types de surveillance :

1. un contrôle de surveillance qui reflète l’état général des eaux du bassin à partir de mesures sur la biologie, la physico-chimie, la chimie (dont micropolluants), la morphologie, l’hydrologie ou la piézométrie. Le contrôle de surveillance a commencé dès 2007.
2. des contrôles opérationnels qui consistent en un suivi de l’impact des pressions pour les masses d’eau à risque de non atteinte des objectifs de la DCE en 2015, orienté sur les paramètres déclassants. Les contrôles opérationnels cessent lorsque la masse d’eau atteint le bon état (ou en bon potentiel). Le contrôle opérationnel commencera à compter de 2008.

Ces 2 types de surveillance se déclinent en programmes et sous-programmes qui sont bâtis selon les mêmes principes :

1. une liste de sites de contrôle
2. un programme d’analyses comprenant une liste de paramètres à suivre et des fréquences