La qualité des cours d'eau pour les macrophytes est basée sur l'Indice Biologique Macrophytes Rivières (IBMR). Depuis 2015, l'évaluation de l'état est basé sur l'EQR (Ecological Quality Ratio).
L’EQR, ou écart à la référence, est le rapport entre un état observé et l’état que «devrait» avoir le milieu en l’absence de perturbation anthropique. L’EQR est calculé sur la base d’indices, son résultat est un ratio sur une échelle de 0 à 1. Les bornes des classes d’état sont définies sur cette échelle en EQR.